La secuenciación del genoma completo de pumas de Ecuador revela cómo los antiguos cambios climáticos, la colonización europea y la reciente fragmentación del hábitat han dejado huellas diferenciadas en el ADN de uno de los depredadores más ampliamente distribuidos de América.
HISTORIA COMPLETA
Los genomas de pumas silvestres de Ecuador han revelado la primera evidencia genómica de endogamia registrada en pumas de Sudamérica y, al mismo tiempo, han descubierto una conexión inesperada entre la historia demográfica de esta especie y la llegada de los europeos a América.
El estudio, publicado en Scientific Reports, utilizó la secuenciación del genoma completo para reconstruir la historia de las poblaciones de pumas en distintas regiones ecológicas de Ecuador. Los investigadores descubrieron que el ADN de los pumas actuales conserva señales de acontecimientos ocurridos en escalas temporales muy diferentes: desde las oscilaciones climáticas del Pleistoceno, pasando por cambios demográficos ocurridos alrededor de la época de la colonización española, hasta la fragmentación del hábitat durante las últimas décadas.
En conjunto, estos hallazgos cuestionan la idea de que una especie puede considerarse genéticamente segura simplemente porque continúa teniendo una amplia distribución geográfica.
“Los pumas todavía ocupan un área geográfica enorme, por lo que es fácil asumir que sus poblaciones siguen estando bien conectadas”, señaló el autor principal, Daniel E. Chavez, de la Universidad Tecnológica Indoamérica. “Pero el genoma nos cuenta una historia diferente. Algunas poblaciones que históricamente estuvieron conectadas se están aislando, y ya podemos observar las consecuencias genéticas”.
LA PRIMERA EVIDENCIA GENÓMICA DE ENDOGAMIA EN PUMAS SUDAMERICANOS
Durante mucho tiempo, Sudamérica ha sido considerada un importante reservorio de diversidad genética para el puma (Puma concolor), una especie distribuida desde Canadá hasta el extremo sur del continente.
Sin embargo, los nuevos datos genómicos revelan señales de endogamia reciente en los pumas ecuatorianos.
Los investigadores identificaron largos tramos de homocigosidad, es decir, regiones del genoma en las que las dos copias heredadas de los progenitores son prácticamente idénticas. Estos segmentos extensos pueden indicar reproducción reciente entre individuos genéticamente relacionados y constituyen una señal genómica de alerta importante en poblaciones de fauna silvestre pequeñas o aisladas.
Este hallazgo representa la primera evidencia genómica de endogamia registrada en pumas de Sudamérica.
Los resultados sugieren que la fragmentación del hábitat ocurrida aproximadamente durante los últimos 70 años está interrumpiendo las conexiones entre poblaciones que históricamente podían intercambiar genes.
Esto es importante porque un aislamiento prolongado puede reducir progresivamente la diversidad genética y aumentar la probabilidad de que variantes genéticas perjudiciales queden expuestas. Con el tiempo, esta erosión genómica puede disminuir la capacidad de una población para responder a los cambios ambientales.
UNA SEÑAL SORPRENDENTE DE HACE 400 AÑOS
Los genomas también revelaron un acontecimiento demográfico mucho más antiguo e inesperado.
Hace aproximadamente 400 años, el tamaño efectivo de la población de pumas parece haber aumentado considerablemente, coincidiendo aproximadamente con el colapso de las poblaciones humanas indígenas tras la colonización europea.
La llegada de los europeos a América produjo profundos cambios demográficos y en el uso de la tierra. Las enfermedades, la violencia y la alteración social provocaron una drástica disminución de las poblaciones indígenas, lo que llevó al abandono de paisajes agrícolas y a la recuperación de los bosques en muchas zonas.
Los investigadores plantean que esta transformación a gran escala del paisaje pudo haber aumentado la disponibilidad de hábitat y la conectividad para los pumas, contribuyendo a la expansión poblacional detectada en sus genomas.
El estudio no sugiere que la colonización haya provocado directamente el aumento de las poblaciones de pumas. Más bien, el momento en que aparece la señal genómica es compatible con la hipótesis de que los grandes cambios en la densidad de población humana y en el uso de la tierra generaron condiciones ecológicas favorables para la expansión de los pumas.
El resultado demuestra cómo acontecimientos importantes de la historia humana pueden dejar señales detectables en los genomas de la fauna silvestre siglos después.
LA EDAD DE HIELO TAMBIÉN DEJÓ SU HUELLA EN EL ADN DE LOS PUMAS
Los investigadores analizaron después períodos mucho más antiguos.
Al combinar información genómica con reconstrucciones de las condiciones ambientales del pasado, el equipo encontró evidencias de que las oscilaciones climáticas del Pleistoceno modificaron repetidamente la conectividad de los hábitats de los pumas en Ecuador.
Los pumas de los bosques del noroeste parecen haber persistido en hábitats relativamente estables desde el punto de vista ambiental durante aproximadamente los últimos 100.000 años.
Sin embargo, hace unos 17.000 años, las condiciones climáticas se volvieron más similares en algunas zonas del occidente de Ecuador. Los investigadores sugieren que este período pudo haber reducido las barreras ambientales y creado condiciones favorables para que los pumas se dispersaran entre los Andes occidentales y las regiones costeras del Pacífico.
De esta manera, los Andes no actuaron simplemente como una barrera geográfica permanente. En cambio, los cambios climáticos modificaron repetidamente el paisaje por el que podían desplazarse los pumas, conectando y separando periódicamente sus poblaciones.
Estos acontecimientos antiguos contribuyeron a generar los patrones de diversidad genética que actualmente se observan en los pumas ecuatorianos.
SETENTA AÑOS PODRÍAN ESTAR DESHACIENDO MILES DE AÑOS DE CONECTIVIDAD
Uno de los contrastes más sorprendentes revelados por el estudio es la diferencia entre el cambio climático antiguo y la fragmentación moderna del paisaje.
Las poblaciones de pumas sobrevivieron a repetidos cambios ambientales durante el Pleistoceno y, bajo condiciones favorables, pudieron volver a conectarse a través del paisaje.
LA FRAGMENTACIÓN MODERNA ESTÁ OCURRIENDO MUCHO MÁS RÁPIDO
La agricultura, las carreteras, la expansión urbana y otros cambios en el paisaje pueden restringir el movimiento entre poblaciones, incluso cuando las separan distancias geográficas relativamente cortas. Los resultados genómicos sugieren que estas barreras ya están afectando el flujo génico entre los pumas ecuatorianos.
Esta diferencia tiene implicaciones directas para la conservación.
El estudio sugiere que las poblaciones del noroeste, donde la erosión genómica parece encontrarse en una etapa más temprana, podrían beneficiarse especialmente de la restauración y protección de corredores de hábitat que permitan a los animales dispersarse y reproducirse entre poblaciones.
Las poblaciones del sur, más aisladas, muestran evidencias de una mayor erosión genómica y eventualmente podrían requerir estrategias de conservación más específicas si no es posible restaurar la conectividad natural.
“Todavía existe una oportunidad de actuar antes de que el aislamiento se vuelva irreversible”, afirmó Chavez. “Proteger una población no significa únicamente proteger a los animales que viven dentro de una reserva. También debemos proteger su capacidad de desplazarse por el paisaje e intercambiar genes con otras poblaciones”.
UNA ESPECIE AMPLIAMENTE DISTRIBUIDA TAMBIÉN PUEDE SER GENÉTICAMENTE VULNERABLE
Actualmente, el puma está clasificado globalmente como una especie de Preocupación Menor, debido a su enorme distribución geográfica a lo largo del continente americano.
Sin embargo, el nuevo estudio demuestra por qué la extensión geográfica de una especie, por sí sola, no necesariamente refleja el estado de conservación de sus poblaciones individuales.
Una población puede permanecer físicamente presente en un paisaje mientras se encuentra cada vez más aislada desde el punto de vista genético.
La secuenciación del genoma completo permite detectar estos cambios antes de que necesariamente sean visibles como un colapso poblacional.
Los hallazgos ofrecen, por tanto, una advertencia y, al mismo tiempo, una oportunidad: la erosión genómica ya ha comenzado en algunas poblaciones de pumas ecuatorianos, pero las acciones de conservación destinadas a restaurar la conectividad del paisaje podrían ayudar a mantener la diversidad genética acumulada durante miles de años.
SOBRE EL ESTUDIO
El estudio, titulado “First genomic evidence of inbreeding in South American pumas and the role of Andean climate history in shaping genetic diversity”, fue publicado en Scientific Reports.
La investigación fue liderada por Daniel E. Chavez, junto con Chiara Correa-Zanotti, Nicole Ormaza, David Mora, María B. Cabezas, Carolina Sáenz, Ernesto Arbelaez, Lauren Ong, Alexander Medina, Robert K. Wayne, Tuyen Ong y Rebecca Zug.
Los investigadores pertenecen a la Universidad Tecnológica Indoamérica, Paris Lodron Universität Salzburg, Fundación Zoológica del Ecuador, Universidad San Francisco de Quito, Amaru Fundación y Bioparque, Mashpi Lodge, University of California Los Angeles (UCLA), además de otras organizaciones e investigadores colaboradores.
El trabajo contó con el apoyo de la Universidad Tecnológica Indoamérica, Mashpi Lodge, USFQ Fondos COCIBA y Ong Family.
Revista: Scientific Reports
Publicado: 14 de septiembre de 2026
Artículo: Primera evidencia genómica de endogamia en pumas sudamericanos y el papel de la historia climática de los Andes en la configuración de la diversidad genética
DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-026-69712-y